Иерей Александр Флягин родился 20 ноября 1978 года в городе Ростове-на-Дону.
С 1990 года нес послушание алтарника в Преполовенском храме г. Ростова-на-Дону. В 1995 году поступил в Свято-Тихоновский богословский институт и во время обучения нес послушание иподиакона митрополита Волоколамского и Юрьевского Питирима (Нечаева).
В 2000 г. закончил богословско-пастырский факультет Свято-Тихоновского богословского института в городе Москве.
4 февраля 2001 г. был рукоположен в сан диакона архиепископом Ростовским и Новочеркасским Пантелеимоном и 3 апреля 2001г. был назначен штатным диаконом Ростовского кафедрального собора Рождества Пресвятой Богородицы.
На праздник святых Первоверховных апостолов Петра и Павла, 12 июля 2001 г. был рукоположен в сан иерея и с 20 августа назначен настоятелем Свято-Никольского прихода с. Ново-Николаевка, Азовского благочиния.
С 5 августа 2003 г. - штатный священник Свято-Георгиевского храма г. Ростова-на-Дону. 28 октября 2003 г. был назначен штатным священником Свято-Введенского прихода г. Белая Калитва.
14 февраля 2004 г. назначен настоятелем Свято-Никольского прихода с. Новый Егорлык, Сальского благочиния.
С 16 мая 2006 г. назначен настоятелем Свято-Князь-Димитриевского прихода г. Новочеркасска.
12 апреля 2012 года к празднику Святой Пасхи удостоен права ношения наперсного креста.
