Иерей Михаил Гапоненко родился в 1973 г. в Новочеркасске.
В 1995 году окончил Новочеркасский государственный технический университет (ныне ЮрГТУ) по специальности "Автоматизированные системы обработки информации и управления".
С 1995 по 2007г. работал в сфере информационных технологий.
В феврале 2007 года Архиепископом Ростовским и Новочеркасским Пантелеимоном был рукоположен в сан диакона, а декабре этого же года - в сан иерея. С февраля 2007 года по октябрь 2012 года являлся штатным клириком храма св. Александра Невского г. Новочеркасска. В октябре 2012 года Митрополитом Ростовским и Новочеркасским Меркурием назначен настоятелем храма св. мц. Татианы при Донском Государственном техническом университете г. Ростова-на-Дону. В ноябре 2018 года назначен настоятелем храма Смоленской иконы Божией Матери "Одигитрия" г. Аксая.
В 2009 году окончил Православный Свято-Тихоновский гуманитарный университет (ПСТГУ), г. Москва, со степенью бакалавра теологии.
В 2009 году назначен руководителем Миссионерского отдела Ростовской-на-Дону епархии.
В период с 2013 по 2018 годы являлся руководителем Отдела по делам молодежи и миссионерскому служению Ростовской-на-Дону епархии.
Является преподавателем Донской духовной семинарии (предметы: Миссиология, Информатика).
В 2011 году ко дню Святой Пасхи награжден правом ношения камилавки.В 2015 году - правом ношения наперсного креста