Мысль устроить при Атаманском дворце домовую церковь возникла несколько позже строительства самого дворца. Поводом к этому послужило неудавшееся злодейское покушение на жизнь Государя Императора Александра II 4 апреля 1866 года.
Счастливое избавление от гибели Александра II повсеместно на Дону отмечалось благодарственными молебствиями. Казаки Новочеркасской станицы соорудили на свои средства и пожертвовали в войсковой Вознесенский собор иконы святых преподобных Иосифа Песнопевца и Георгия иже в Малеи, празднуемых 4 апреля (31). Поскольку Атаманский дворец изначально предназначался быть резиденцией не только донского атамана, но и Высочайших Особ в дни Их пребывания на Дону, было решено пристроить ко дворцу домовую церковь в память этого события. Инициативу донских жителей поддержал назначенный в 1867 году на Донскую кафедру архиепископ Платон (Городецкий), который благословил устроить домовый храм в честь преподобного Симеона Персидского, с престольным праздником 5 апреля.
Войсковой наказной атаман генерал-адъютант А.Л. Потапов возложил постройку храма при Атаманском дворце на обязанность Соборостроительной комиссии. Производителем работ был назначен областной архитектор статский советник И.О. Вальпреда. Заготовление материалов и контроль за исполнением работ комиссия поручила своим членам: председателю войскового коммерческого суда коллежскому асессору Ф.С. Савченкову и почетным членам от Донского торгового общества казакам Норкину и Блажкову. Церковь сооружалась частично на войсковые средства, частично на пожертвования от всех сословий Донского войска.
Здание церкви было пристроено ко дворцу с северо-восточной стороны, двухэтажное, в одном стиле с основной постройкой. По отношению к линии главного фасада оно располагалось несколько в глубине, образуя место для небольшого садика. Так архитектор сумел сохранить видимую симметрию здания дворца со стороны площади. В нижнем этаже церкви размещались служебные помещения. Собственно сам храм находился во втором этаже. Он представлял собой обширный, площадью 120 квадратных метров, зал с высотой потолков около 7 метров; очень светлый, по причине двухстороннего освещения: на северном и южном фасадах располагалось по три огромных окна. Стены церкви покрывал орнамент из четырех и шестиконечных крестов и звезд. Над каждым окном имелось по два круглых медальона, в которых, по-видимому, помещались живописные изображения, сделанные на холсте. Потолок церкви был побелен и украшен лепниной растительных мотивов. Перед алтарной частью на потолке имелась лепная розетка для крепления люстры. Пол был сделан паркетный, геометрического рисунка. В западной части церкви, при входе в нее с парадной лестничной площадки, располагался притвор. Над притвором, в антресольном этаже, был устроен балкон для хора, огражденный балюстрадой из резных деревянных балясин.
Восточная часть храма была приподнята на одну ступеньку. Полы в алтаре также были сделаны паркетные. Иконостас изготовили в мастерской иконостасных работ В.К. Солнцева. Эта мастерская существовала в Новочеркасске с 1868 года, то есть работы по Атаманской церкви были среди первых ее заказов, аккуратно и добросовестно исполненных. В.К. Солнцев изготавливал иконостасы "из разного дерева, полированные, с резьбою, позолотою и художественной живописью на чеканном золотом фоне" (34). Как выглядел в действительности иконостас дворцовой церкви можно сейчас только догадываться. Единственное, в чем нет сомнения, что он был сделан со всей доступной по местным условиям роскошью, имея в виду возможное пребывание во дворце Высочайших гостей. Атаманская церковь не имела купола, на крыше был установлен небольшой барабан с луковичным завершением и на северном фасаде, посередине, барочного типа аттик с лепными украшениями и венчающей его небольшой луковкой с крестом. Кресты были установлены прорезные, ажурные, шестиконечные. Церковь была окончательно отделана и снабжена всей необходимой утварью к концу 1869 года. Освящение храма совершил сам владыка Платон 8 ноября 1869 года, в день памяти Архангела Михаила.
В настоящее время храм находится на реконструкции. По статусу, благословленному Правящим архиереем, храм входит в ведение благочинного округа.