Иерей Анатолий Махонин родился в п. Алексеевка, Матвеево Курганского района, Ростовской области. В 2000 году окончил среднюю школу № 3 города Красный Сулин.
С 2000 по 2003 год обучался в Новочеркасском автотранспортном колледже, по окончании которого получил диплом по специальности «Организация и управление грузовым и пассажирским автотранспортом».
В 2012 году окончил Донскую духовную семинарию.
С 2005 по 2012 нес послушание в Вознесенском соборе города Новочеркасска в качестве алтарника.
28 августа 2012 года, в праздник Успения Пресвятой Богородицы, митрополитом Ростовским и Новочеркасским Меркурием (Ивановым) рукоположен в сан диакона. Диаконское служение совершал в должности штатного клирика Вознесенского кафедрального собора города Новочеркасска.
8 ноября 2015 года митрополитом Ростовским и Новочеркасским Меркурием (Ивановым) рукоположен в сан пресвитера и назначен штатным клириком храма святителя Иоанна Златоуста г.Новочеркасска
В Новочеркасском благочинии исполняет послушание по духовному окормлению МБУЗ Детской городской больницы г.Новочеркасска, СОУ СОШ № 22 г.Новочеркасска, Стационара наркологического отделения № 4 г.Новочеркасска, В/Ч 319558А Батальона Управления 8 армии.
В 2019 году ко дню Святой Пасхи награжден набедренником. В 2022 году удостоен Наперсным крестом.